S-a născut la 22 iulie 1951, în satul Dobreşti, comuna Bara, judeţul Timiş. La Sfântul Botez a primit numele Dan-Ilie, se arată într-un material documentar realizat de Agerpres.
Şcoala primară a urmat-o în satul natal (1958-1962), iar gimnaziul, în localitatea Lăpuşnic, judeţul Timiş, între 1962-1966. În anul 1966, începe cursurile liceale în oraşul Buziaş, pe care le continuă în municipiul Lugoj, la Liceul "Coriolan Brediceanu", între anii 1967-1970.
Este absolvent al Institutului Teologic Universitar Ortodox din Sibiu (1970-1974). În perioada 1974-1976, urmează cursurile de doctorat la Institutul Teologic Universitar Ortodox din Bucureşti, Secţia Sistematică, sub îndrumarea pr. prof. dr. Dumitru Stăniloae; îşi continuă studiile în străinătate: doi ani la Facultatea de Teologie Protestantă a Universităţii de Ştiinţe Umane din Strasbourg (Franţa) şi doi ani la Facultatea de Teologie Catolică a Universităţii Albert Ludwig din Freiburg im Breisgau (Germania).
La 15 iunie 1979, susţine teza de doctorat la Universitatea din Strasbourg, intitulată: "Réflexion et vie chrétiennes aujourd'hui. Essai sur le rapport entre la théologie et la spiritualité".
În perioada 1980-1988, este lector la Institutul Ecumenic de la Bossey (Elveţia).
Intră în viaţa monahală la 6 august 1987, la Mănăstirea Sihăstria, judeţul Neamţ, cu numele Daniel, avându-l ca naş de călugărie pe arhimandritul Cleopa Ilie. La 14 august 1987 este hirotonit ierodiacon, iar la 15 august 1987, ieromonah.
În 1988, este hirotesit protosinghel şi numit consilier patriarhal, director al Sectorului Teologie Contemporană şi Dialog Ecumenic; în 1988, devine conferenţiar la Catedra de Misiune Creştină a Institutului Teologic Universitar Ortodox din Bucureşti. Din 2007 este profesor de Teologie Pastorală la Facultatea de Teologie Ortodoxă Justinian Patriarhul din Bucureşti.
La 12 februarie 1990, Daniel Ciobotea este ales episcop-vicar al Arhiepiscopiei Timişoarei, cu titlul de Lugojanul, iar în 4 martie 1990 este hirotonit arhiereu în Catedrala mitropolitană.
La 7 iunie 1990, este ales arhiepiscop al Iaşilor şi mitropolit al Moldovei şi Bucovinei, fiind întronizat la 1 iulie 1990.
Ca mitropolit la Iaşi (1990-2007) şi locţiitor de mitropolit (30 septembrie 2007 - 8 iunie 2008), a înfiinţat o seamă de instituţii, dintre care: Facultatea de Teologie Ortodoxă „Dumitru Stăniloae”, Iaşi (1990); Seminarul Teologic Ortodox „Sfânta Cuvioasă Parascheva”, Mănăstirea Agapia (1991); Seminarul Teologic Ortodox „Sfântul Gheorghe”, Botoşani (1992); Seminarul Teologic Ortodox „Sfântul Ioan Iacob”, Dorohoi (1993); Seminarul Teologic Ortodox „Sfântul Vasile”, Iaşi (1995); Seminarul Teologic Ortodox „Sfinţii Constantin şi Elena”, Piatra Neamţ (1996); Institutul „Sfântul Nicolae”, Iaşi (1997); Institutul Cultural-Misionar TRINITAS, Iaşi: Editură, Tipografie (1997) şi Post de Radio (17 aprilie 1998); Trinitas TV - post de televiziune creştin ortodox, înfiinţat la Iaşi în anul 2007, transferat la Bucureşti în acelaşi an.
În calitate de arhiepiscop, mitropolit şi patriarh la Bucureşti (din 30 septembrie 2007), a înfiinţat Centrul de Presă Basilica al Patriarhiei Române, care cuprinde Radio Trinitas, TV Trinitas, Ziarul Lumina, Agenţia de Ştiri Basilica şi Biroul de presă al Patriarhiei Române (27 octombrie 2007).
Printre alte distincţii, titluri şi premii, a fost distins de către preşedintele Românei cu Ordinul Serviciul Credincios în rang de Mare Cruce (2000) şi cu Ordinul Naţional Steaua României în grad de Mare Cruce (2007).